随着数字豪华版游戏的提前解锁，《合金装备3：重制版》在所有平台上均遭遇了显著的性能问题。开发商Konami已通过社交媒体正式回应，确认已意识到这些问题，并表示一个修复补丁正在准备中。
Konami在声明中写道：“我们收到了大量关于游戏问题的报告，我们的团队正在调查原因并致力于制作补丁以解决这些问题。一旦补丁准备就绪，我们将开始逐步发布并通知大家更新时间。”目前，具体更新日期尚未公布。
官方同时列出了一些已知并计划在后续更新中修复的致命错误（Bug），包括：
·连续使用生存小刀攻击获取食物后，在特定条件下会导致游戏卡死；
·通过生存视角菜单脱下已佩戴的鳄鱼帽时，可能导致游戏卡死；
·在饥饿的鳄鱼附近采集食物时，可能引发游戏卡死；
·从翻滚动作切换至爬行时，角色模型可能在特定情况下悬空；
·在摄像头切换为“入侵视角”的区域，角色移动可能受限；
·在特定条件下打开无线电窗口会导致游戏卡死。
