故事来到了潜伏者在保卫者的武器研究所夺取了神秘的超级战士血清和绿巨人遗体后，他们将其运往了自己一个位于地下的生化实验室，在这个地区，潜伏者开展了对强化血清的研发，目的是更好强化人体，随着一段时间的研究后，他们终于开发出来了初代版本的强化血清，准备寻求一部分人来进行人体试验。
很快，一群佣兵就被示意来到进行强化血清的实验，他们开始被注射了强化血清，原本，在研究员看来，这些被注射了强化血清的人势必会得到身体上的强化，可试验却大大出乎了他们的预料，因为他们发现了一个非常可怕的事情，就是这些注射了强化血清的佣兵们开始变得异常暴躁，并且他们完全不受任何控制。
而且更要命的地方是这些人开始肆无忌惮攻击其他人，但凡被他们抓伤的人，也很快会被感染成新的感染体，此时，研究员们很快便呼叫了救援，企图镇压这些不受控制的感染体，但要命的事情出现了，就是参与镇压的士兵们发现，他们非但救不了其他人，甚至很多士兵还反过来被他们感染成了同类，瞬间整个实验室就被生化幽灵占领了。
故事来到了生化幽灵危机爆发的一年多以后，生化幽灵早已遍布了整个世界各地，各地都爆发了生化危机，保卫者和潜伏者早已正式联起手共同应对这场生化危机，可是，也因为生化幽灵的巨大的战争价值，让不少人动起了歪心思，他们抓捕了一些生化幽灵，并且对这些生化幽灵进行了改造，企图将其打造成能够控制的军事武器。
经过他们的科研人员的研发改造后，新一代的生化幽灵出现了，当然，为了测试这种生化幽灵的战斗力，于是，他们将其投放到了联合作战部队作战的前线阵地上面，事情也跟他们预想的一样，即便配备了重型火力的联合部队，被这种新型生化幽灵打得找不到北，这群人躲在背后也获得了非常不错的一手数据。
自从二代生化幽灵出现在战场过后好几年，此时，人们已经开始习惯了生化幽灵的情况，也琢磨出来了应对的办法和策略，可就在这个时候，一个新的神秘组织Blitz再次开始开发新一代的生化幽灵，他们在一个神秘的东方国度开展了此次项目的研发，他们将一种神秘的僵尸基因血液注入到生化幽灵里面，使得这些生化幽灵获得更加强大的感染能力。
